居正和海瑞底立场，本来不是绝对一致的，但是他对于海瑞底去职却绝对同情，所以他说：“至于海刚峰之在吴，其施虽若过当，而心则出于为民；霜雪之后，少加和煦，人即怀春，亦不必尽变其法以徇人也。”（书牍十四《答应天巡抚朱东园》）
现在是居正底时代了。他用不到夺田还民，那些不易实行的政策；他有的是考成法，他发动政治底力量，增加岁入，打击地主，同时也减轻贫民的负担。他给应天巡抚宋仪望的信，是当时一篇有价值的文献：
来翰谓苏松田赋不均，侵欺拖欠云云，读之使人扼腕。公以大智大勇，诚心任事，当英主综核之始，不于此时剔刷宿弊，为国家建经久之策，更待何人？诸凡谤议，皆所不恤。即仆近日举措，亦有议其操切者，然仆筹之审矣。孔子为政，先言“足食”，管子霸佐，亦言“礼义生于富足”。自嘉靖以来，当国者政以贿成，吏朘民膏以媚权门，而继秉国者又务一切姑息之政，为逋负渊薮，以成兼并之私。私家日富，公室日贫，国匮民穷，病实在此。仆窃以为贿政之弊易治也，姑息之弊难治也。何也？政之贿，惟惩贪而已，至于姑息之政，依法为私，割上为己，即如公言，豪家田至七万顷，粮至二万，又不以时纳。夫古者大国公田三万亩，而今且百倍于古大国之数。能几万顷而国不贫！故仆今约己敦素，杜绝贿门，痛惩贪墨，所以救贿政之弊也；查刷宿弊，清理通欠，严治侵渔揽纳之奸，所以砭姑息之政也。上损则下益，私门闭则公室强。故惩贪吏者所以足民也，理逋负者所以足国也。官民两足，上下俱益，所以壮根本之图，设安攘之策，倡节俭之风，兴礼义之教，明天子垂拱而御之。假令仲尼为相，由、求佐之，恐亦无以逾此矣。今议者率日：“吹求太急，民且逃亡为乱。”凡此皆奸人鼓说以摇上，可以惑愚暗之人，不可以欺明达之士也。夫民之亡且乱者，咸以贪吏剥下，而上不加恤，豪强兼并，而民贫失所故也。今为侵欺隐占者，权豪也，非细民也，而吾法之所施者奸人也，非良民也。清隐占，则小民免包赔之累，而得守其本业；惩贪墨，则闾阎无剥削之扰，而得以安其田里。如是，民且将尸而祝之，何以逃亡为？公博综载籍，究观古今治乱兴亡之故，曾有官清民安，田赋均平而致乱者乎？故凡为此言者，皆奸人鼓说以摇上者也。愿公坚持初意，毋惑流言。异时宰相不为国家忠虑，徇情容私，甚者辇千万金入其室，即为人穿鼻矣。今主上幼冲，仆以一身当天下之重，不难破家以利国，陨首以求济，岂区区浮议可得而摇夺者乎？公第任法行之。有敢挠公法，伤任事之臣者，国典具存，必不容贷。（书牍六《答应天巡抚宋阳山论均粮足民》）
居正对于江南的大地主，印象太坏了。他还记得徐阶和他谈起的话，异时每闻存翁言，“其乡人最无天理”。及近时前后，官于此土者，每呼为鬼国，云“他日天下有事，必此中创之”。他说：“盖谓朝廷之政令，不能行于此地，而人情狡诈，能忍人之所不能忍，为人之所不敢为故也。”（书牍七《答应天巡抚论大政大典》）但是他对于他底办法，具有信心；他不怕时人底攻击，而且也相信终会得到大众底谅解。他说：
吴中事势已极，理必有变。今得丈稍稍振刷，使知朝廷法纪之不可干，上下分义之不可逾，汰其太甚，而无至于【足炙】盭横决，而不可收拾，则吴尚宜尸祝公以报德，而可以为怨乎！婴儿不剃头则肠痛，不【扌副】痤则浸疾，然剃头、【扌副】痤，固不能止婴儿之不啼也。近来彼中人，不独侧目于丈，且推本于仆，造为横议，欲以摇撼国是，如昨南余云云，意皆有所由来，故不得不一创之。今上意已定，正论不摇，丈宜自审画，无为山鬼所惑。（书牍七《答应天巡抚宋阳山》）
居正的时代，国库底主要收人是田赋，惟有对田赋有把握，才谈到整理财政，才谈到富国。隆庆五年已经有过征赋不及八分，有司停俸的诏令。（《明史》卷—二七《萧彦传》）神宗登极以后，下诏：隆庆元年以前的积欠，一概豁免，隆庆四年以前的积欠，免三征七。（《明史》卷二二九傅应祯传》）换一句讲，便是隆庆五年以后的积欠，一概追缴，同时还得追缴以前三年的七成积欠。考成法实行以后，规定征赋不足额的，巡抚和巡按御史听纠，府、州、县官听调。事态确实有些严重了。从书生底立场看，一切只觉得操切，但是除了整理田赋以外，在当时的环境之下，有什么方法可以增加国库收入，弥补岁入、岁出底巨大的差额？
元年，户部尚书王国光奏称：
国初天下州县存留夏税、秋粮，可一千二百万石，其时议主宽大，岁用外计赢银百万有余。使有司岁征无缺，则州县积贮自丰，水旱盗贼，不能为灾患。今一遘兵荒，辄留京储，发内帑。由有司视存留甚缓，苟事催科，则谓扰民，弊遂至此。请行天下抚、按官，督所司具报出入存留逋负之数，臣部得通融会计，以其余济边：有司催征不力者，悉以新令从事。（《明史》卷二二五《王国光传》）
这是一个整理地方财政的计划。王国光主张由地方当局整理田赋收入，除去规定截留作为地方经费者以外，一概呈报中央，再由户部统筹，作为国防的经费。这一个计划底提出、批准和实行，当然都有居正在内。经过嘉靖、隆庆两朝虚耗以后，从神宗登位起，直至万历十年，国家称为富庶，（《明史》卷—二二《张学颜传》）不能不认为居正底大功。
万历元年，六部的人事发生了两次变动。九月间吏部尚书杨博因病致仕，不久逝世。杨博底去位，当然是一个很大的损失。
居正说过：
自余登朝，则见故少师太宰杨公，心窃向慕之，公亦与余为忘年之契。公在本兵久，又遍历诸镇，躬履戎行，练习兵事。余每从公问今中国所以制御夷狄之策，及九塞险易，将士能否，公悉为余道所以，如指诸掌。故自余在政府，所措画兵事，盖得之公为多。（文集五《吏部尚书襄毅杨公墓志铭》）
杨博逝世以后，延推吏部尚书，候补人第一名、左都御史葛守礼，第二名、工部尚书朱衡，第三名、南京工部尚书张瀚。守礼资望最好，朱衡在河工方面，成绩最著，但是居正认定张瀚清贞简靖，独用张瀚。本来第三名称为陪推，照例是用不到的。因此张瀚对于居正，真是感激，在人才进退的方面，不免受内阁底影响。
礼部尚书陆树声因为对于内阁感到不愉快，请求致仕，居正托树声底弟弟树德去挽留，但是树声去志坚决，只得由他去了。居正自己到树声家中，要他椎荐替人，树声推荐南京礼部侍郎万士和。十二月间，礼部尚书也换了人。
在边疆方面，最重要的变动是宣大总督底更换。宣大是当时最重要的地方，对付俺答封贡，王崇古尽了最大的努力，但是崇古需要休息了，居正提出方逢时。一次在文华殿上，神宗问道：
“宣大重镇，为什么要取回王总督？”[更多精彩，更多好书，尽在[517z.]
“朝廷用人，不宜把他底力量用尽。王崇古在宣大久了，应当休息一下，他日不妨再用，”居正说。
“谁可以代王崇古？”神宗又问。
“方逢时可代，”居正答。（参书牍五《与王鉴川言兢业边事》）
这样决定了王崇古入理京营戎政，方逢时补宣大总督的诏令。逢时本来是和崇古共事的，一切都很顺利。
北边的问题，暂时稳定了，但是广东、广西和四川还需要处分。处分的方法，第一便要使得地方负责官吏，感觉地位底稳定。居正和神宗也说起：
“现在南北督抚，皆臣亲自选用，能为国家尽忠任事之人。皇上宜加信任，不要听浮言，加以苛求，使他们无从展布。”
“先生底话说得是，”神宗说，“先生公忠为国，所用的人那有不当的。”（参书牍六《答殷石汀言终功名答知遇》）
广东离北京太远，地方又太富庶了。中央鞭长莫及，吏治不能澄清，贪官愈多，民愤愈大。政治底不良，成为地方治安的大祸。嘉靖中年以后，和平、龙南一带，李文彪、谢允樟、赖清规，都称王，占据江西、广东交界的地方，但是政府因为受到倭寇底牵掣，始终无力应付，直到四十四年，才算稍为安定一下。隆庆年间，惠州蓝一清、赖元爵，潮州林道乾、林凤、诸良宝，琼州李茂都起事了，整个的社会，不能安定。居正曾经说过：“嘉、隆之间，广州处处皆盗，议者谓岭表非我版图矣。”（书牍十一《答两广刘凝斋言贼情军情民情》）形势真是非常的严重。隆庆五年八月，高拱和居正商定，调殷正茂总督两广军务，决定进兵。居正和正茂说起：“治乱国，用重典。广固乱国也，其势非用兵威以震荡之，奸宄不畏，良民无依。”（书牍四《答两广殷石汀计剿广寇》）以后募浙兵，发马价，一切都由正茂放手去做。居正当国以后，更和正茂说：
广事之坏，已非一日，今欲振之，必宽文法，假便宜乃可。近来议者纷纷，然朝廷既以阃外托公，任公自择便宜行之，期于地方安宁而已，虽弹章盈公车，终不为摇也。（书牍四《答两广殷总督》）
万历元年，潘季驯又和居正谈起，也是悬念广东的兵事。居正肯定地说：“广事近以属之殷司马，此君才略，足以办此，又假以便宜，兵食期一二年，当得荡定。”（书牍五《答潘总宪笠翁》）果然就在这一年中，将广东方面，逐步安定，只剩诸良宝、林凤未平，不幸广东军队，在进攻中，受到一些意外的挫折，居正和正茂再说：
诸良宝必死之寇，而各官乃易视之，其败固宜。