居正曾经说过，“朝多长者”。在这个环境之下，即使冯保有作恶的意志，他也没有作恶的机会。“朝多长者”，一切出于居正底布置，这里更显出居正底作用。
不幸居正和冯保的关系太密切了，而且高拱底解职，居正又是最大的收获者。“冯保底阴谋，有居正参豫吗？甚至还是他主谋罢！驱逐高拱已经过分了，现在又要杀高拱！”一般人底怀疑，又集中到居正身上。从嘉靖二十七年杀夏言以来，掌握政权的人，最后都发生身家性命底危害。严嵩当权，杀夏言，徐阶当权，杀严世蕃，八十几岁的严嵩，也被平白逼死；高拱当权，徐阶底儿子充军，徐阶也旦夕莫保。二十五年的传统了。惟有血，才是政权底代价，现在大致又是高拱支付代价的时候了。这个传统，真是又惨酷，又凶暴。大众指着居正，认定他正要压迫高拱，支付最后的血债。
大臣中最有声望最有气魄的是杨博和葛守礼。守礼约杨博一同去访居正。
“已经和他说过了。”杨博说。
“一般的舆望都在杨公，”守礼说，“认定只有杨公能不杀人媚人。目前事情更吃重了，谈不得已经说过，不便再说啊。”
他们一同拜访居正。他们替高拱辩护，他们指明东厂没有良心，他们惟恐株连大众，他们甚至于以全家百口，担保高拱底无辜。
也许他们说得太热切了一点，居正有些气愤了。他不期望一般人底谅解，然而他不能想象平生所钦佩的人也会对自己怀疑。
“两位以为我也要甘心高公吗？”他愤愤地说。
“不是的，”杨博说，“但是只有相公，才有回天之力。”
居正决定了办法，东厂底讯问只是初审，居正奏明神宗，交掌锦衣卫左都督朱希孝和左都御史葛守礼以及冯保复审。葛守礼和冯保当然责无旁贷。希孝是第二名靖难功臣成国公朱能之后，第六代成国公朱希忠之弟。明朝自成祖以后，特别看重靖难功臣，第一名靖难功臣淇国公丘福底后代削除了，所以成国公是当时的第一世家。加以希忠、希孝，自世宗以来，都是特蒙思宠的勋臣，居正提出希孝，正是看重他底资望。但是事情却把希孝难住了，他和希忠商量。遵照冯保底计划吧，他们不愿意得罪士大夫；遵照良心吧，他们又不愿意得罪冯保。希孝认定了事情底困难，他向居正请教，居正教他再和杨博、葛守礼商量。审讯底经过相当复杂，但是这件事情底结果非常简单。万历二年，希孝逝世，居正在他底神道碑记着：
今上践祚之元年，有贼挟刃至官门，惊跸。捕得，下东厂治，贼冀缓死，妄言有主者。于是内外错愕，索贼甚急。然余心知其诬，乃见上，言斯事重，请令锦衣卫与东厂杂治之。上日，“可。”公既受命，即独宿外舍，燕居深念，多设方略，密侦之，如是十余日，乃得其情，趣具狱上，戮止一人，余无所问。当是时，微公，搢绅祸且不测，其所存活，不啻数百千人矣。（文集四《后军都督府左都督朱公神道碑》）
王大臣灌下一杯生漆酒，哑了；他不能诬赖高拱指使，也不能陈述冯保唆供，就这样胡涂地交给刑部拟罪，得到斩首的处分。王大臣底无辜的血液，洗清高拱底被诬，但是没有洗去居正底嫌疑。居正在给总理河道万恭的信中说起：
昨会舍亲西石公言：顷者内狱之起，众情汹汹，独公以为朝有人焉，无足虑者。此足以见公知我之深也。今士大夫亲见仆行事，无一人知及于此者，而公乃在外得之，人之相去，岂不远哉。（书牍五《答司马万两溪》）
居正对于当时士大夫之不相知，真有些愤意了。他对于高拱。不是不恨，但是他没有置之死地的意念。他在这一年曾和吴百朋说起：“仆平生所厚士大夫甚多，见背者亦不少，然终不以是而易其好贤之心，即今日内狱之事，可以观矣。”（同卷《答吴尧山言宏愿济世》）这几句话，透露他对于高拱的怨恨，但是他没有意思要杀高拱。居正《杂著》（文集十一）里，痛责王猛计陷慕容垂的错误。他说：“猛盖自揣才略，不能驾驭垂，故百计欲去之，以为足以弭将来之患，而乃出于阴贼险狠之谋，类小人女子妒宠忌能者之所为，此诸葛孔明辈所不道也”他知道高拱已经倒了，自己有控制底力量，何必得罪清议，更揭示自己底不能容物。居正底自信力，正在逐日加强。
万历元年六月，内阁上疏请随时考成。在居正底一生，这是一件重要的政治事业。居正平时常说遵循祖宗成宪；假如我们要探求居正创制的行为，那便只有他底考成法。全文如次：
臣等窃闻尧之命舜曰，“询事考言，乃言底可绩。”皋陶之论治曰，“率作兴事，屡省乃成。”盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效。若询事而不考其终，兴事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，禹皋为佐，亦恐难以底绩而有成也。臣等窃见近年以来，章奏繁多，各衙门题复，殆无虚日。然敷奏虽勤，而实效盖鲜。言官议建一法，朝廷日“可”，置邮而传之四方，则言官之责已矣，不必其法之果便否也。部臣议厘一弊，朝廷曰‘可”，置邮而传之四方，则部臣之责已矣，不必其弊之果厘否也。某罪当提问矣，或碍于请托之私，概从延缓；某事当议处矣，或牵于可否之说，难于报闻。征发期会，动经岁月，催督稽验，取具空文。虽屡奉明旨，不曰“著实举行”，必曰“该科记着”，顾上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐。鄙谚曰，“姑口顽而妇耳顽”，今之从政者殆类于此。欲望底绩而有成，岂不难哉？臣居正当先帝时，曾上《便宜六事》，内《重诏令》一款，亦尝亹亹言之，随该吏部题复，欲各衙门皆立勘合文簿，事下各抚按官，皆明立程限，责令完报，然亦未闻有如期令而以实应者。甚者寝格如初。兹遇皇上躬不世出之资，励精图治，百执事亦皆兢兢务修其职业，无敢以玩愒弛废者；独所谓考言屡省者，尚未加之意焉，窃恐致理之道，有未尽也。查得《大明会典》内一款，“凡六科每日收到各衙门题奏本状，奉圣旨者，各具奏目，送司礼监交收；又置文簿，陆续编号，开具本状，俱送监交收。”又一款，“凡各衙门题奏过本状，俱附写文簿，后五日，各衙门具发落日期，赴科注销，过期稽缓者，参奏。”又一款，“凡在外司、府行门，每年将完销过两京六科行移勘合，填写底簿，送各科收贮，以备查考，钦此。”及查见行事例，在六科，则上下半年，仍具奏目缴本；在部院，则上下半月，仍具手本，赴科注销。以是知稽查章奏，自是祖宗成宪，第岁久因循，视为故事耳。请自今伊始，申明旧章，凡六部都察院，遇各章奏，或题奉明旨，或复奏钦依，转行各该衙门，俱先酌量道里远近，事情缓急，立定程期，置立文簿存照，每月终注销。除通行章奏不必查考者，照常开具手本外，其有转行复勘，提问议处，催督查核等项，另造文册二本，各注紧关略节，及原立程限，一本送科注销，一本送内阁查考。该科照册内前件，逐一附簿候查，下月陆续完销，通行注簿，每于上下半年缴本，类查簿内事件，有无违限未销。如有停阁稽迟，即开列具题候旨，下各衙门法问，责令对状。次年春、夏季终缴本，仍通查上年未完，如有规避重情，指实参奏。秋、冬二季亦照此行。又明年仍复挨查。必俟完销乃已，若各该抚、按官，奏行事理，有稽迟延阁者，该部举之。各部、院注销文册，有容隐欺蔽者，科臣举之。六科缴本具奏，有容隐欺蔽者，臣等举之。如此，月有考，岁有稽，不惟使声必中实，事可责成，而参验综核之法严，即建言立法者，亦将虑其终之罔效，而不敢不慎其始矣。致理之要，无逾于此。伏惟圣明裁断施行。（奏疏三《请稽查章奏随事考成以修实政疏》）
奏疏上去以后，奉圣旨：
卿等说的是，事不考成，何由底绩？这所奏，都依议行。其节年未完事件，系紧要的，著该部、院另立期限，责令完报。若不系钱粮紧要，及年远难完的，明白奏请开除，毋费文移烦扰。（同上）
居正曾经说过：“法之不行也，人不力也，不议人而议法何益？”现在他创制了，这是他底有名的考成法。事情真是简单异常。他只要各衙门分置三本账簿。一本记载一切发文、收文、章程、计划，这是底册。在这许多项目之中，把例行公事无须查考的，概行剔除以外，再同样造成两本账簿：一本送各科备注，实行一件、注销一件，如有积久尚未实行，即由该科具奏候旨；一本送内阁查考。居正底综核名实，完成万历初年之治，最得力的还是这三本账簿。
政治只是民族精神底表现。十六世纪的中国民族血液里，已经渗入因循底成分，“置邮而传之四方”，成为一切政令的归宿。法令、章程，一切的一切，只是纸笔底浪费。几个脑满肠肥的人督率着一群面黄肌瘦的人，成日办公，其实只是办纸！纸从北京南纸店里出来，送进衙门，办过以后，再出衙门，经过长短不等的公文旅行以后，另进一个衙门归档，便从此匿迹消声，不见天日。三百七十年了，想到已往的政治情况，真是不胜警惕。
居正是一个现实的政治家。他知道政务的办不通，不是机构底缺乏，所以他不主张增加政治机构。他也知道公文政治不能打倒公文政治，所以他不主张提出新的法令、章程，增加纸笔底浪费。他只要清清白白的一个交代。